A Macugnaga, come nel resto della valle Anzasca, i laghi sono molto pochi, contrariamente ad altre valli dell’Ossola particolarmente ricche di specchi d’acqua. Il più famoso e più facilmente raggiungibile è l’unico di origine artificiale: il Lago delle Fate, sopra Borca, è stato realizzato nel 1953 sommergendo l’antica frazione di Quarazza; è raggiungibile con una facile camminata di 20 minuti su una comoda pista agricola.

I laghi naturali sono tutti ad alta quota: di facile accesso grazie alla funivia è il Lago Smeraldo, depressione pietrosa riempita dall’azzurro intenso delle acque di fusione, pochi metri sotto la cresta di confine al Passo di Monte Moro; molto più impegnativa è l’escursione di 4 ore necessaria per raggiungere i Laghetti del Ligher, splendidi occhi celesti di origine glaciale situati poco sotto la cima del Pizzo Nero, a circa 2600 metri di quota. Di particolare interesse glaciologico è il Lago delle Locce, raggiungibile comodamente in meno di un’ora dal rifugio Zamboni e Zappa: lago proglaciale causato dalla raccolta delle acque di fusione del ghiacciaio Nord delle Locce, è racchiuso da potenti cordoni morenici, ma ha più volte, nel corso della sua storia, dato origine a esondazioni di particolare violenza a causa del cedimento dell’argine glaciale; l’ultima di queste esondazioni, nel 1979, ha distrutto le seggiovie del Belvedere e rimodellato completamente la zona tra l’alpe Burky e il Wengwald. Infine è doveroso citare il Lago Secco, custode della memoria di Macugnaga: una conca pietrosa alle pendici del Pizzo Nero, che si riempie solo durante il disgelo primaverile o in caso di abbondanti piogge, raggiungibile in mezz’ora di cammino dalla frazione di Opaco, è circondata da antiche case e opere di recinzione e canalizzazione, la cui origine è tuttora avvolta nel mistero.

Citazione a parte merita il Lago Effimero, lago epiglaciale che si forma sul ghiacciaio del Belvedere ai piedi della parete Est del Monte Rosa: non si tratta di un lago perenne, ma di un bacino di accumulo di acque di scioglimento che si raccolgono in seguito a forti ondate di caldo a causa della conformazione che il ghiacciaio ha assunto negli ultimi anni alla base della parete stessa; il timore che una rotta glaciale causasse una devastante alluvione è divenuto concreto nell’estate 2002, quando le acque del lago raggiunsero l’incredibile volume di oltre 3 milioni di metri cubi. Negli anni successivi e fino a oggi le dimensioni si sono molto ridimensionate, senza più destare preoccupazioni.

Il torrente principale che percorre tutta la valle fino a sfociare nel fiume Toce è ovviamente l’Anza, che nasce dall’unione del Gerolima, il ramo principale che origina dalla fronte del ghiacciaio del Belvedere a circa 1800 metri di quota, del Fontanone, l’imponente sorgente di acqua che sgorga nei pascoli dell’alpe Burky, e del Pedriola, che scende dai pascoli dell’alpeggio omonimo. Nel territorio di Macugnaga i principali tributari dell’Anza sono il torrente Tambach, il rio Horlovono e il rio Testa nei pressi di Staffa, e il torrente Quarazza, che percorre l’omonima valle prima di gettarsi su Borca con una bellissima cascata.