La fauna di Macugnaga è quella tipica dell’alta montagna, un ambiente naturale difficile a cui solo poche specie sono in grado di adattarsi. Alle alte quote regnano i grandi mammiferi simbolo della montagna: i camosci, oggi stimati in circa 200 esemplari, e gli stambecchi, estinti in passato ma reintrodotti nel 1969 dal Parco del Gran Paradiso e oggi perfettamente reintegrati; in primavera non è raro osservarli mentre si spingono a basse quote. Nei dintorni del paese è facile, soprattutto nelle prime ore del mattino, imbattersi in qualche capriolo, che a volte si avventura temerariamente anche sulle strade delle frazioni; più difficile è l’avvistamento del cervo, pochi esemplari che si nascondono nei fitti boschi circostanti. Tra i roditori la più famosa è certamente la marmotta, il cui fischio inconfondibile risuona spesso nella conca dell’alpe Pedriola, ma non mancano lepri alpine e arvicole delle nevi. Completano la nutrita schiera dei mammiferi ghiri, volpi, ermellini, martore, faine, tassi e scoiattoli.

I grandi carnivori, le cui cronache e leggende ci raccontano essere stati abbondanti nei secoli passati, sono estinti da tempo: l’ultimo orso della valle Anzasca è stato ucciso nel 1828 a Calasca, l’ultima lince di Macugnaga nel 1894 all’alpe Fillar, l’ultimo lupo della val d’Ossola nel 1927 sopra Pieve Vergonte. Proprio il lupo sembra stia lentamente ritornando, essendone stati avvistati esemplari nelle limitrofe valli Bognanco e Antrona, e in Vallese; forse anche la sua assenza ha invece favorito la diffusione del cinghiale, che privo di predatori naturali si è recentemente espanso dalla bassa valle Anzasca fino a Macugnaga, lasciando evidenti tracce del suo passaggio sui pascoli.

L’avifauna è abbondantemente rappresentata da pernici, coturnici, picchi, galli forcelli, merli, fringuelli alpini, tordi, cuculi e ghiandaie. Rari sono il barbagianni e il gufo nei boschi che circondano il paese. Alle alte quote, sopra i gracchi alpini e i corvi imperiali, domina il volo dei falchi e dell’aquila, che ancora nidifica in val Quarazza e sulle rocce del Battel. Tra gli anfibi si segnalano rane, salamandre pezzate e tritoni alpini; tra i rettili lucertole, gli innocui orbettini e le velenose vipere (marassi e aspidi), piuttosto comuni anche nei prati a bassa quota; tra i pesci la trota fario. E, ovviamente, molto diffusi sono gli animali da allevamento come mucche, capre e pecore, anche se ormai la dura attività della pastorizia estiva negli alpeggi sembra appartenere ad un tempo passato destinato a sopravvivere solo nei ricordi.